Pakuonio parapijinė mokykla įkurta 1819 metais. Apie tuo metu dirbusius mokytojus žinių neišlikę. Iš kartos į kartą eina pasakojimai apie spaudos draudimo laikotarpiu slaptoje mokykloje vaikus mokiusį daraktorių Lažanauską. Jo mokyklėlė buvusi dabartinėje Tyliojoje gatvėje. Valstybinės rusiškos mokyklos mokytojo Antano Gylio, dirbusio šimtmečių sandūroje (mirė 1907 m.), giminaičiai ir dabar gyvena Pakuonyje. Vyresnių pakuoniškių atmintyje išlikęs nepaprastai šviesus tarpukario laikų pradinės mokyklos vedėjo mokytojo Kazio Garmaus paveikslas. Vyriausieji miestelio gyventojai mena tų laikų šviesuolis mokytojas Mariją Bajoraitienę, Budinauskaitę, Aldoną Bogvilaitę,Melnikaitę. Buvę mokiniai pagarbiai mini po karo ilgiausiaidirbusiusmokytojus Antaniną Bakšytę,Genovaitę Juškevičiūtę, Ireną Gedminaitę, Pranutę Grigonienę, Oną ir Danielių Žvirblius bei daugelį kitų, besirūpinusių jaunų žmonių švietimu ir kultūra.
Direktoriaus pavaduotojais (mokymui, ugdymui) dirbo Antanas Kirilauskas, Ona Grižaitė, Ona Karčiauskaitė, Vanda Vitkauskienė, Genovaitė Juškevičiūtė, Antanas Kaminskas, Aldona Padriezienė, Irena Ptašnikienė, Laimutė Raugevičienė. Popamokine veikla nuo 1967 metų rūpinosi direktoriaus pavaduotojaiA. Bunevičiūtė, A. Padriezienė, St. Deltuvienė, V. Blekaitis, O. Zmejauskienė, T. Každailienė, J. Kamarūnienė, V. Račkienė, E. Čeplinskienė, A. Vaicekauskienė Šiuo metu direktoriaus pavaduotoja ugdymui dirba Jūratė Keturakienė.
1920 m. Pakuonio mokykla iš parapijinės tapo pradinė keturmetė, šešiametė ir veikė privačiose patalpose. 1939 metais pastatyta nauja mokykla, kuri 1944 m. reorganizuota į progimnaziją. Ši dviaukštė mokykla karui baigiantis 1944 metais sudegė. Pokario vaikai mokėsi įsikūrę Daukšiagirės dvaro rūmuose, didesnėse privačiose trobose.Vėliau valdžia konfiskavo jau pastatytą, bet dar neįrengtą klebonijos pastatą ir čia perkėlė mokyklą, kurioje vaikai mokėsi dviem pamainom. Mokiniai puikiai tvarkė gražų sodą, pavyzdingą bandymų sklypą. 1949 m. įkurta septynmetė, o 1957 m. – vidurinė. 1965 metais mokykla persikėlė į naują mūrinį dviaukštį pastatą Pakuonio pakraštyje. Tačiau apie pusketvirto šimto mokinių turinti mokykla gyvavo be sporto bazės, valgyklos ir kt. 1990 metais baigtas statyti puikus priestatas su aktų ir sporto salėmis, valgykla, technologijų kabinetais, priešmokyklinio ugdymo korpusu, biblioteka. Turtėjo klasės ir kabinetai. Visi išgyveno, kai 2001 m., išleidusi 44 abiturientų laidas, Pakuonio vidurinė buvo reorganizuota į pagrindinę mokyklą. Nuo 2001 metų mokykla aktyviai įsijungė į projektinę veiklą, todėl nuolat daugėjo kompiuterinės technikos, netrukus įkurta informacinių technologijų klasė.
Mokiniai, kurių namai toli nuo mokyklos,galėdavo apsigyventi bendrabutyje. Jis buvo įrengtas ir ilgiausiai 30 metų veikė buvusiame Bajoraičių name, vėliau buvo kilnojamas iš vienos vietos į kitą, o 1989 metais panaikintas. Vaikus į mokyklą atveždavo maršrutiniai autobusai. 2001 m. gavome geltonąjį mokyklinį autobusiuką, kuris mokinius ir jų tėvus, mokytojus veža ne tik į mokyklą, bet ir į ekskursijas, rajoninius beirespublikinius renginius, su juo pasiekiame draugus Lenkijoje ir Latvijoje.
Vaikus, bendruomenę ir miestelio svečius kviečia turtingas, nuolat ekspozicijas keičiantis Kraštotyros muziejus, kurio įkūrimu 1992 m. rūpinosi mokytoja, kruopšti kolekcininkė, tautodailininkė Irena Gedminaitė. Nuo 2001 metų jame triūsiakraštotyros metodininkė Ona Zmejauskienė. Čia įruoštos atskiros etnografijos, mokyklos, apylinkės, bažnyčios ir lauko ekspozicijos, kurios vis atnaujinamos, įvairinamos. Muziejuje nuolat keičiamos įvairios parodos. Mokiniai kasmet dalyvauja respublikiniuose konkursuose, ekspedicijose, ruošia tiriamuosius darbus, bendrauja su mokslininkais, o nuo 2001 metų su lietuvių kilmės amerikiečiais, kurių giminės šaknys Pakuonyje.Muziejuje vyksta pamokos, šventės, parodos, susitikimai. Daug bendrų renginių organizuojama su seniūnijos kultūros darbuotojomis. Beveik pusė mokytojų buvę Pakuonio mokyklos auklėtiniai, baigę mokslus ir sugrįžę čia dirbti. Puiku, kai širdį traukia namai, mokykla, gimtinė. 2009 m. mokykla atšventė 190 metų jubiliejų. Jo garbei prie mokyklos pastatyta bene didžiausia pelėdos skulptūra. 2010 m. renovuota mokyklos išorė, įrengta nauja šildymo sistema. 2011 m. mokykla pasipuošė dar viena skulptūra Pakuonio krašto knygnešiams, skirta įamžinti knygnešių Antano ir Felicijos Bajoraičių atminimą. Abi skulptūros pastatytos JAV gyvenančių Bajoraičių giminės paramos lėšomis.
2014 m. buvo švenčiamas 195 metų mokyklos jubiliejus.
2014 m. rugsėjo 1 d. atidaryta ikimokyklinio ugdymo grupė.
Pakuonio mokyklos direktoriai:
Vladas Mikėnas (195? – 1957) – jo iniciatyva įkurta Pakuonio vidurinė mokykla
